Lugar de paso y asentamiento de varias civilizaciones, debe su nombre a El Pinatar, extensa zona forestal muy apreciada para la caza. Posteriormente, en el siglo XVII, se le añade el nombre del apóstol San Pedro tras la construcción por parte de los pescadores de la zona de un templo en homenaje al santo.
En 1820 hubo un intento de crear un municipio independiente, sobre la base de las Constituciones que reconocían los derechos de los ciudadanos frente al poder del Rey, intento sin éxito, pues era el período absolutista que no dejó prosperar la segregación.
El día 16 de septiembre de 1836 se constituyó el primer Ayuntamiento, segregado del Concejo de Murcia y el primer alcalde fue José Imbernón Ruiz.
A finales del siglo XIX, se convierte en lugar de recreo para los habitantes de la huerta murciana, atraídos por las propiedades curativas de las aguas del Mar Menor.
San Pedro del Pinatar se encuentra entre las riberas del Mar Mediterráneo y el Mar Menor, lo que le da un gran valor turístico y ecológico. Playas como Villananitos o La Puntica en el Mar Menor y Las Salinas o La Barraca Quemada en el mar Mediterráneo, se ofrecen al turista para trasladar un conjunto de sus emociones frente a los dos mares. Además, en San Pedro del Pinatar se encuentra el humedal de más importancia de la Región de Murcia: el parque natural de Las Salinas y Arenales de San Pedro del Pinatar, una amplia extensión de tierra mojada por el mar (más de 900ha.) donde recalan flamencos, gaviotas, albatros, garzas, etc. También podemos encontrar dunas móviles con su flora característica. Por último, para los amantes del la salud y el ocio podrán disfrutar de importantes instalaciones de talasoterapia para hacer más relajada su estancia.
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