Situada en el centro del Mar Menor y muy próxima a la isla del Barón, es la segunda isla en tamaño con casi 26 hectáreas. Se trata de una isla volcánica unida a una pequeña península mediante un tómbolo, a la que se le suele llamar “isla Esparteña” por la cantidad de esparto que hay en ella.
Al igual que la Isla Mayor, también perteneció al Barón de Benifayó, quién la vendió al Conde de Romanones, y éste a su vez se la cedió al Estado. En los años previos a la Guerra Civil (1936-1939) sirvió a la Armada como zona de prácticas de bombardeo con fuego real, lo que provocó que los artefactos no detonados minaran la zona hasta que en la década de los 90 y con la construcción de chiringuitos, se lanzó una campaña para localizarlas y desactivarlos.
En esa misma década, la Perdiguera se estableció como isla de gran actividad turística, lo que supuso un desgaste en la vegetación y calidad de la zona, hasta que en el año 2007 la Ley de Demarcación de Costas estableció la eliminación de esos establecimientos y el regreso a una forma de turismo más sostenible.